Аниме погружает нас в атмосферу экологического апокалипсиса. Итак, представьте, 21 век, экологическое бедствие достигло своего пика. Чтобы не допустить развала мира и экономики, правители «городов будущего» контролируют атмосферу с помощью налогов на углекислоту. Проблемы с углекислотой заставляют образовать жителей современности обособленный город — Атлас, он парит над Токио, в самом же Атласе сосредоточена главная политическая и экономическая власть во главе с беспощадной Реко, но даже ее злодейский ум не может предугадать промышления гениальной малышки Карин, создавшей машину Медуза.

В то же время, в развалинах Токио образовывается группировка «Железный век». Их цель-весьма благородна, избавить окружающую среду от загрязнения и заставить всех жителей перейти на биотехнологии. Чтобы выполнить поставленную цель, из женской тюрьмы была выпущена внучка лидера «Железного века»-Кунико. Однако о планах повстанцев быстро стало известно, и для срыва мероприятия в развалины был направлен отряд во главе с майором Кусанаги. В пылу боя оказывается, что Кусанаги и Кунико связаны древним проклятием, способным спасти мир от разрушения.